時は近未来、突然、地球上の各所にブラックポイントと呼ばれる異次元と繋がる扉が出現。そこから、通称ゼクスと呼ばれる異形の怪物たちが現れ、人類に侵攻を開始する。当初は劣勢を強いられていた人類側だったが、ゼクスを捕獲し、使役することが出来る道具｢カードデバイス｣を開発し、ゼクスに抵抗を開始する。やがて人類とゼクスの戦いは小康状態を迎え、地球上には束の間の平穏が訪れた。そんな時代背景の中、この物語の主人公｢天王寺飛鳥｣は神戸にて、ごくごく普通の高校生活を送っていた。しかしある時、街角で不思議な少女と出会い、カードデバイスを渡される。するとしばらくして、飛鳥は傷を負った天使のゼクス｢フィエリテ｣が、黒い獣のゼクス｢ズィーガー｣とそのパートナーの少女｢上柚木綾瀬｣に襲われている現場に遭遇する。飛鳥は持ち前の正義感から天使を助けようとするのだが…。この事件を機に、飛鳥は激動の運命の渦へと巻き込まれていく。過酷な宿命を背負う少女｢各務原あづみ｣とそのあづみに寄り添うゼクス｢リゲル｣、世界征服の野望に燃える｢アレキサンダー｣とその下で軍師として辣腕を振るう｢黒崎神門｣、その黒崎と行動を共にする｢青葉千歳｣と｢倉敷世羅｣など様々な人々やゼクスとの出会いを重ねる飛鳥。はたして彼を待ち受けるのは果たして何色の未来なのか…!?（TVアニメ動画『Z/X IGNITION』のwikipedia・公式サイト等参照）