故郷であるタラークとメジェールに刈り取りの危機が迫っていることを知ったニル・ヴァーナの乗員達。彼らは危機を救うため、故郷への旅を急ぐ。途中、回収した脱出ポッドの中には奔放な少女｢ミスティ｣がコールドスリープしていた。彼女の乗っていたポッドに隠されていたメッセージにより、明らかになる驚くべき地球の現状と刈り取りの真実!はたして彼らは故郷を救えるのだろうか…そして地球人の本当の目的は…?!前作で明かされなったペークシスの謎を機軸にますます盛り上がる｢セカンドステージ｣、いよいよ開幕!!（TVアニメ動画『ヴァンドレッド the second stage』のwikipedia・公式サイト等参照）