魔の山オーエンスタンレー山脈に複葉機アルカディア号で挑んだ勇敢なパイロット、ファントム・F・ハーロックの子孫ハーロックは、イルミダスとの戦いに敗れ、その占領下にある地球で無念の涙をのんでいた。荒れ果て、難民ばかりがあふれる地球にあって｢希望を捨てるな｣と訴える秘密放送“自由アルカディアの声”だけが人々の心を励ます力となっていた。ある日食堂で知り合ったトチローとハーロックが、遥か昔から宿命の絆で結ばれていたことが判明する。イルミダスのゼーダは、ハーロックに地球の安全と引き換えにトカーガ星攻撃を要請するが、ハーロックはこれを拒否した。その頃トカーガ星人ゾルとその仲間がゼーダの計画を知り、反乱を決意していた。ゾルに代わりトチローとともにトカーガ星へ向うこととなったハーロックは、トチローが密かに建造した宇宙船アルカディア号にドクロ旗を掲げて地球を飛び出していく。（TVアニメ動画『わが青春のアルカディア』のwikipedia・公式サイト等参照）